1.控制：《秘密潜入Ⅱ》的键位操作和《反恐精英》差不多，这里仅向大家介绍一些常用的默认键位：W、S、A、D分别为前后左右移动，Q和Z为身体姿态切换键，CapsLock可切换奔跑或行走状态，空格键为跳跃，E键可使用当前物体或执行指定动作，\键可伸头窥视拐角另一边的情况，G键丢弃当前手上武器，R键更换弹匣，0键可显示当前携带的所有武器；M键打开电子卫星地图，B键打开望远镜，T键打开热像仪，O键可查看任务目标，I键打开存取进度界面，L键可查阅本关中与总部的通讯对话记录；鼠标左键是开火射击，右键为打开瞄准镜或切换武器射击模式，如果有滚轮上下拨动可在望远镜或瞄准镜中放大或缩小画面。

2.行动：无论执行任何任务都应尽量避免惊动敌人，这是本游戏生存的第一法则。主人公有站、跪、卧3种姿态，在任何姿态下都可行进，但只有站姿可奔跑，卧姿无法抛手雷，更换弹匣时也会停止前进。卧姿产生的噪音最低，跪姿其次，然后是站姿，最后是站姿奔跑状态，各种身体状态的移动速度和噪音成反比。在距离敌人较远时可以奔跑，接近后要尽快转入跪姿或卧姿，否则很容易被发现。屏幕左下角的几个图标可以让玩家了解到自己的状态，最左边的人形轮廓代表HP值，右边小人形代表当前身体姿态，小人左边竖立的刻度表是当前身体姿态产生的噪音程度，上方的眼睛表示是否被敌人看到过，如果是蓝色则意味着尚未被任何敌人发现，如果是红色则表示已经被发现。有时候附近没有敌人也要尽量采用卧姿匍匐前进，因为墙后的敌人可能会听到外面疾奔的脚步声。使用热像仪可以查看屋内是否有敌人，但要小心切换热像仪会产生相当大的响动。卧姿可以让玩家避开很多危险，如果有草木的掩护即使敌人走到近处也未必能发现你，而且它还有一个更绝妙的用处——当玩家从诸如屋顶或山崖之类的高处下来时必须要走梯子，否则很容易受伤，但如果你切换到卧姿后即可从屋顶上一“摔”而下，既节约时间又绝对不会受伤。

在露天场景中玩家可以借助卫星电子地图看到附近敌人的活动情况，但室内遇到拐角时玩家最好探头窥视一下另一边的情况。游戏中的一些交通要道通常设有敌人的摄像头，摄像头分为普通、防弹和带自动机枪3种，后两种无法摧毁，前一种可打爆，但要避免被附近敌人听见。如果附近有监视系统控制机房可暂时或永久关闭全部摄像头，但后期玩家只能抓时间差，也就是等摄像头转到另一边时迅速通过。被摄像头发现会引发警报，不过摄像头捕捉到可疑目标后并不会立刻报警，而是发出急促的嘀嘀声，并且会越来越急促，通常六七声后才会变成警报，也就是说如果能在这六七声之内脱离摄像头的监视范围即可平安无事。

3.装备：《秘密潜入Ⅱ》的装备种类繁杂，如果不是在像被俘这样的特殊情况下，主人公通常携带主武器、副武器、匕首各一，此外还有卫星电子地图、热像仪、望远镜等。考虑到多数时候都不能惊动敌人，玩家真正需要的武器一般均为消声型，如开始时的消音型格鲁克17、PSG1狙击步枪的消声版、SOCOM（《合金装备》中主人公惯用的那把大手枪）、SMG-2微声冲锋枪等。消声武器并非绝对没有声音，用它们射杀敌人时会惊动较近距离内的其他敌人，相比之下从敌人背后扼杀最稳妥。扼杀产生的响动最小，只要玩家爬到敌人身后，无论手持何种武器在屏幕下方都会出现一个扼杀图标，然后按E键即可执行。当迫不得已需要杀人时必须注意，不能让尸体出现在敌人的视线或摄像头监视范围内，最好等目标走到掩蔽物后时再动手。使用枪械射击时要讲求精度，务必做到一枪爆头，洒水似的乱扫不但会让幸存的敌人看到你，也会影响过关后的评分。

4.评诂：一代玩家一直在抱怨无法中途存盘，二代终于对此有了改进，在简单难度下玩家可存盘5次，正常难度下是3次，困难难度下不能中途存盘。需要存盘时按I键，玩家会看到琼斯的电脑上出现两行命令，Upload开头的代表存盘，Download代表提取进度。虽然大多数任务没有时间限制，但每关结束后电脑都会对玩家的表现给出评估，4项评估标准分别为完成任务时间、被发现次数、剩余生命值和射击精度，右侧是评估标准，左侧是玩家的各项成绩，如果呈现红色就代表未能满足标准要求，根据各项成绩玩家会得到不同的特工称号。总而言之，《秘密潜入Ⅱ》绝对不是一款简单的射击类游戏，玩家需要借助望远镜和卫星电子地图认真观察敌人的行动规律并策划自己的行动路线，谋定而动才能稳操胜券。