50年代，冷战前期，美国依靠核能源作为支配力量。于是，斯大林命令科学家研究核领域。然后，在一个小岛，Kamchatka，被称作 Katorga-12,科学家发现Element-99，尽管非常不稳定，是一个强大能力来源。研究直到1955年，小岛被神秘事故摧毁--奇点爆炸。政 府隐藏了真相。 2010年，一个来自K岛的突然的电磁风暴摧毁了某美国间谍卫星。一个黑色行动小组被调查这个推测本无人居住的小岛，但是第二波风暴摧毁了他们的直升机。2人生存，Nate Renko(译者注：玩家控制者)进入了这个废弃的科研所。然后他暴露在一个奇特的能力波下，进入1955年，K岛在大火中，不过还未摧毁。 Renko救下了Demichev后回到2010年，发现小岛某些地方发生了改变，并遭到暴力生物侵袭。他不得不穿过学校，与Devlin，另一个生存者汇合。2个人同时被俄国军队抓住，并被询问TMD，Devlin在声明他们的行为不合法时被杀。 Renko被一个叫Kathryn的女人救下，后来解释是她为一个叫MIR-12的组织工作。MIR-12发现是两个科学家研究E-99。就是 Barisov和Demichev。Barisov据说是在一个实验事故死掉，所以只留下Demichev来研究这个新元素。TMD进而被发明。后来被揭示的是：MIR-12发现了一本日志，说只有一个人可以拯救时间，这个人就是Renko。Kathryn告诉Renko去找到TMD并用它回到过去，救下 Barisov。Renko成功救下他回到2010年。 Barisov和Renko计划在事故将大部分居民变异前通过使用E-99炸弹倒转奇点修复历史，Renko使用TMD修复了名为“Pearl（译者注：珍珠）”的船获取了其中的E-99炸弹。Kathryn在任务中死去但Renko还是成功了。 炸弹缺少最重要的E-99核心，于是Renko必须将核心带到Cooker:一个巨大的曾创造出E-99同位素的建筑。2010年的Cooker被摧毁了，所以Renko回到过去使用它。Renko在1955年为炸弹充能，却过载了Cooker系统，仅在Cooker爆炸前几秒回到了2010（可能这就是使K岛夷为平地（译者注：此处原文使用的是level）的事故的原因）。他与Barisov打入K岛核心。Renko回到过去，用充能好的E-99 摧毁了设备。 当Renko回到2010年，发现什么都没有改变，设备依旧完好。他发现Demichev抓住了Barisov并将他做为人质。Demichev指出他在Renko摧毁了设备后又重建了一个。Renko开枪打了Demichev，救下Barisov，Barisov终于明白Renko才是整个问题所在，当他在最开始救下Demichev时，改变了历史。Demichev也指出当Renko救他的时候，另一个Renko在试图阻止他。Demichev 提出巨大的报酬，给他无限的权力，换取TMD。Barisov抗议说Renko应该回到过去杀死自己才能把历史还原。 玩家有多个选择，导致3个结局：杀左，杀右，全杀，或回到过去，杀死自己。 杀Barisov:他加入Demichiv力量，训练K岛上的变异者作为先锋，统治了大部分世界。但他发现Renko具有更大的力量，于是在前美国开展了新的武器研究来防备Renko，新的冷战开始，Demichiv与Renko各为一方。 全杀：Renko离开K岛，留下整个世界陷入混乱。公众认为由于Renko带着TMD离开，他的存在成为了一个谜。奇点几年后再次爆发，并摧毁了俄国的东海岸，阿拉斯加的西海岸。K岛的变异者逃到俄国大陆造成巨大破坏。一个新的领袖在前美国诞生，充满进攻性，强权手段统治世界。游戏中的片段及叙述强烈暗示这个领袖就是Renko。 杀Demichev：Barisov认为Renko应该回到过去，杀死正在救Demichev的自己（玩家也可以直接回到过去，而不杀任何一个人）。叙述回到美国小队到K岛来调查，游戏幕后介绍由俄文显示出来，Devilin(译者注：另一个队友)说这个任务什么都没有发生，来到这个岛就是浪费时间。直升飞机飞过开头介绍的雕像，现在却变成带着TMD的Barisov。Renko好像回想起一些记忆，因为游戏中他在看到雕像时看了下左手。 Renko与Devilin的任务被取消，而Devlin称Renko为“同志”，暗示Barisov在K岛灾难中存活下来，并用TMD统一世界于苏联。 片尾后画面：濒死的Kathryn从1955年的Pearl船废墟中浮上水面，把自己藏入一个办公室。她用最后的力量，写下MIR-12日记。